技术标签： LINUX
同事说anaconda安装R语言4，速度很慢，安装不成功，让处理下。
服务器使用的是Centos7
由于anaconda好久没更新，建议使用miniconda,我下载的是2020.6.17发布的版本
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.shWelcome to Miniconda3 py38_4.8.3
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
Please answer 'yes' or 'no':'
>>>yes
Miniconda3 will now be installed into this location:
/root/miniconda3
- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below
[/root/miniconda3] >>>
PREFIX=/root/miniconda3
Unpacking payload ...
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /root/miniconda3
Preparing transaction: done
Executing transaction: done
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
set the auto_activate_base parameter to false:
conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!
我按默认处理。安装后
# 执行下面语句
source ~/.bashrcshell命令行会多个(base)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show
conda info --envs # 查看环境
conda create -n myenv # 创建一个环境
source activate myenv # **进入 myenv环境
conda deactivate # 退出当前环境
conda env remove --name myenv # 移除环境
从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在
conda 安装R语言以及R包示例
conda info --envs # 查看环境
conda create -n R3.5 # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5
conda list #查看当前安装的软件
conda install r-base #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头
conda deactivate # 退出当前环境
安装指定版本
conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11
conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本
(base) [root@localhost miniconda3]# conda create -n R4.0.2
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.8.3
latest version: 4.8.4
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /root/miniconda3/envs/R4.0.2
Proceed ([y]/n)?
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate R4.0.2
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
(base) [root@localhost miniconda3]# source activate R4.0.2
(R4.0.2) [root@localhost miniconda3]# conda list
# packages in environment at /root/miniconda3/envs/R4.0.2:
#
# Name Version Build Channel
(R4.0.2) [root@localhost miniconda3]# conda search R
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
r 3.1.2 0 pkgs/r
r 3.1.2 1 pkgs/r
r 3.1.2 2 pkgs/r
r 3.1.2 3 pkgs/r
r 3.1.3 0 pkgs/r
r 3.2.0 0 pkgs/r
r 3.2.1 0 pkgs/r
r 3.2.2 0 pkgs/r
r 3.3.1 r3.3.1_0 pkgs/r
r 3.3.1 r3.3.1_1 pkgs/r
r 3.3.2 r3.3.2_0 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.3.2 r3.3.2_0 pkgs/r
r 3.4.1 r3.4.1_0 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.4.1 r3.4.1_0 pkgs/r
r 3.4.2 h65d9972_0 pkgs/r
r 3.4.3 mro343_0 pkgs/r
r 3.4.3 r343_0 pkgs/r
r 3.5.0 mro350_0 pkgs/r
r 3.5.0 r350_0 pkgs/r
r 3.5.1 mro351_0 pkgs/r
r 3.5.1 r351_0 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.5.1 r351_0 pkgs/r
r 3.5.1 r351_1000 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.5.1 r35_1002 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.5.1 r35_1003 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.6.0 r36_0 pkgs/r
r 3.6 r36_1002 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.6 r36_1003 anaconda/cloud/conda-forge
r 3.6 r36_1004 anaconda/cloud/conda-forge
r 4.0 r40_1004 anaconda/cloud/conda-forge
(R4.0.2) [root@localhost miniconda3]# conda install r=4.0
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.8.3
latest version: 4.8.4
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /root/miniconda3/envs/R4.0.2
added / updated specs:
- r=4.0
约半小时完成。
前面安装 时有提示conda有新版，也升级下
conda update -n base -c defaults conda
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /root/miniconda3
added / updated specs:
- conda
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
brotlipy-0.7.0 |py38h7b6447c_1000 322 KB defaults
ca-certificates-2020.6.24 | 0 125 KB defaults
certifi-2020.6.20 | py38_0 156 KB defaults
cffi-1.14.1 | py38he30daa8_0 228 KB defaults
conda-4.8.4 | py38_0 2.8 MB defaults
idna-2.10 | py_0 50 KB defaults
libedit-3.1.20191231 | h14c3975_1 116 KB defaults
libffi-3.3 | he6710b0_2 50 KB defaults
pip-20.2.2 | py38_0 1.7 MB defaults
pycparser-2.20 | py_2 94 KB defaults
pyopenssl-19.1.0 | py_1 48 KB defaults
requests-2.24.0 | py_0 56 KB defaults
ruamel_yaml-0.15.87 | py38h7b6447c_1 249 KB defaults
setuptools-49.6.0 | py38_0 748 KB defaults
six-1.15.0 | py_0 13 KB defaults
sqlite-3.32.3 | h62c20be_0 1.1 MB defaults
tk-8.6.10 | hbc83047_0 3.0 MB defaults
tqdm-4.48.2 | py_0 63 KB defaults
urllib3-1.25.10 | py_0 98 KB defaults
yaml-0.2.5 | h7b6447c_0 75 KB defaults
------------------------------------------------------------
Total: 11.1 MB
参考：https://www.jianshu.com/p/2e1986296e15
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直接采用pip install imgaug 错误 需要先安装sharply包 输入命令： 然后输入命令： 或者（当上面安装命令出现超时等错误时） ...
之前安装rdkit已经加过了清华的镜像，不知道PyMol下载是不是也用到了里面的，接着就下载了PyMol 直接利用一条语句: 可能需要尝试好几次，因为网不是很稳定 最后在Anaconda的文件夹里就会出现PyMolyWin.exe 双击即可运行...